這一次，史酷比可酷不起來嘍，連帶它和隊員們在第一集中獲得的那些耀眼的名譽也受到了質疑。一個帶着面具的神祕人挾着復仇的狂風席捲而來，他手中掌控着一架製造怪獸的機器，釋放出來一批類似於翼龍幽靈、黑暗騎士、兇猛的鬼魂這樣危害性極大的妖怪，城鎮中的居民整日活於恐慌之中。迫於輿論和責任的雙重壓力，“祕密公司”的成員決定深入調查這些百年難遇的怪獸到底是基於何種原因一起出現在城鎮上的。 沙吉(馬修·利拉德飾)和史酷比被留下來駐守在公司——這可是一個千載難逢的機會，這對總會將事情搞砸的搭檔要向所有人證明自己是世界上最偉大的偵探，他們配備上了奇特、前衛的各式裝扮，努力在可以隱蔽自己的情況下調查所有線索；同時，團隊中的智多星維爾瑪(琳達·卡德林尼飾)則盯上了一個重要的犯罪嫌疑人——罪案博物館館長帕特里克·懷茲利(塞斯·格林飾)；而作爲領導者的佛瑞德(小弗雷迪·普林茲)及...